故事的()舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。                                                                    　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验()到全()新的()决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客()行为的谜之黑客集团()「海()诺因骑士团」。而他们的目()标是将存在()于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭()。                                                                    　　然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出()来。而()他的名字正是「Playmaker」。                                                                    　　在那()场传奇的战斗中，「Playmaker」使用()压倒性的决()斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社()」和「海诺因骑士()团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。                                                                    　　而现在，作为「()Playmaker」的正体的某位高()中生()藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……                                     　　迷之AI的真身，「海诺因骑士团()」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———                                     　　所有的答案，都在「Link Vrains」中