位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人()，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给()予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价()。                                                                    　　高()中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手()中的力量——()只要是异能之力，就()连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落()孙山的“无()能力”，过着充满不幸的人生。                                                                    　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女()而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条()就被卷入了各种各样的事件中。统率()学园()都市的“科学”方()、与茵蒂克丝()关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的()存在……。                                                                    　　如同呼应魔法方一般，科学方的学()园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的()人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变()的“英雄”们。                                                                    　　他们挺身而出与世界对()峙。如同上条当麻做过的那样。                                                                    　　科学与魔法第三次交织之时()，故事将大幅推进！！